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La plate-forme met a disposition des logiciels commerciaux pour l'analyse de données, des logiciels open source et des solutions développées sur la plate-forme MRI. Nous fournissons également l'accès à des solutions de deep-learning, y compris l'apprentissage (training) sur nos machines.

propriétaire     libre     apprentissage profond     outils

Un certain nombre de logiciels de traitement et d'analyse d'images sont disponibles sur nos ordinateurs. Veuillez nous contacter si vous avez besoin d'aide avec l'un de ces logiciels.

Un certain nombre de logiciels d'analyse d'images à code source ouvert sont disponibles sur nos ordinateurs. D'autres progiciels open source peuvent être installés sur demande. La plupart de nos ordinateurs sont équipés pour le traitement 3D/4D ainsi que pour l’entraînement et l'application de solutions d'apprentissage profond. Si vous avez besoin d'aide avec un logiciel d'analyse d'images open source, veuillez nous contacter.

Outils d'analyse et extensions développés à l'MRI. Vous pouvez trouver la liste complète des outils disponibles publiquement que nous avons développés dans notre github. Veuillez nous contacter si vous avez un problème d'analyse d'image non résolu. Nous pouvons soit vous orienter vers des solutions déjà existantes, soit développer un outil personnalisé pour vous.

Nous avons développé un outil dl4mic, qui permet aux utilisateurs d'entraîner et d'exécuter des solutions d'apprentissage profond à partir d'une interface graphique intégrée à FIJI/ImageJ. Actuellement, 4 modèles de réseaux sont disponibles dans l'outil : UNet, Dense-UNet, Noise2Void et Stardist. L'outil permet d'intégrer rapidement d'autres modèles. Pour la segmentation cellulaire, nous proposons Cellpose. Cellpose est déjà entraîné avec un grand nombre d'images de cellules et peut souvent être utilisé sans entraînement supplémentaire. Notre version de Cellpose permet d'exécuter un traitement par lots à partir de l'interface utilisateur graphique.

Nos stations d'analyse sont équipé avec des logicielles commerciales et libres. Vous pouvez faire une réservation pour un poste de travail ici.

 crbm      dbs      igh      inm      isem      Lagaillarde      Lavalette 

Veuillez trouver ci-dessous une liste des postes de travail disponibles au CRBM.

Veuillez trouver ci-dessous une liste des postes de travail disponibles a l'IGH.

Veuillez trouver ci-dessous une liste des postes de travail disponibles au DBS.

Veuillez trouver ci-dessous une liste des postes de travail disponibles a l'INM.

Veuillez trouver ci-dessous une liste des postes de travail disponibles a Lagaillarde.

Veuillez trouver ci-dessous une liste des postes de travail disponibles a Lavalette.

Veuillez trouver ci-dessous une liste des postes de travail disponibles a ISEM.

Dans le cadre des ateliers du Biocampus Montpellier, nous donnons régulièrement des ateliers sur des thèmes liés à l'analyse d'images. Si vous avez besoin d'aide, si vous avez des questions ou si vous voulez discuter de l'analyse d'images, contactez-nous ou participez simplement à une de nos sessions d'appel à l'aide en libre accès.

MRI crée et organise régulièrement des ateliers liés à l'analyse d'images et de données. Ces ateliers font partie des ateliers proposés par Biocampus Montpellier.

Les images peuvent être transférées entre les différents sites de la plateforme d'imagerie en utilisant notre service sftp. Le transfert peut être effectué hors ligne, c'est-à-dire sans maintenir une session ouverte sur l'un de nos postes de travail.

MRI héberge sa propre instance de la base de données d'images OMERO. Vous pouvez centraliser et gérer les images avec lesquelles vous travaillez activement en utilisant OMERO. Vous pouvez également utiliser le module OMERO.figure pour créer les figures de vos publications directement à partir de vos données d'images dans OMERO.

Cette page présente quelques exemples de projets d'analyse d'images qui ont été réalisés avec succès par MRI dans le passé.

Liens vers des didacticiels et d'autres ressources utiles en matière d'analyse d'images.