Cellpose

Cellpose permet de segmenter des cellules de différents types à partir de différentes modalités d'imagerie. Le réseau d'apprentissage profond est pré-entraîné avec des images de 70000 cellules. Cellpose utilise une représentation vectorielle des cellules. L'entrée est une image des cellules et éventuellement une image de noyaux.

MRI a ajouté un bouton de traitement par lot, qui permet d'exécuter la segmentation des cellules par lot à partir de l'interface utilisateur graphique au lieu d'utiliser le python à partir de la ligne de commande.

Voir aussi :

Cellpose (Présentation pour le groupe d'analyse d'images de l'IRM, 05.02.2020)
Cellpose reloaded (Présentation pour le groupe d'analyse d'images IRM, 04.03.2021)