BioImage Informatics Index
De nombreux outils pour l'analyse des bioimages sont déjà disponibles, mais les informations sur ces outils ne sont pas uniformes et se concentrent souvent sur les aspects techniques des méthodes mises en œuvre plutôt que sur les problèmes que les outils peuvent réellement résoudre. Comme les analystes de bioimage se concentrent sur les problèmes appliqués, ces informations sont souvent inadéquates. Pour surmonter ce problème, la plateforme BIII développée par le réseau européen d'analystes en bio-image NEUBIAS tente de faire correspondre le problème avec les outils pertinents.
S'inspirant du succès des projets communautaires (par exemple Wikipedia) pour atteindre cet objectif, une technique de crowdsourcing favorisant les échanges et la collaboration est appliquée pour mettre à jour la plateforme de manière incrémentielle.
BIII cherche à fournir une unification des points de vue : basé sur le problème (par exemple, "trouver les noyaux dans les cellules"), basé sur la méthode (par exemple, "segmentation active basée sur les contours"), et basé sur l'outil (par exemple, "CellProfiler"). La plateforme rassemblera également les liens commentés sur les articles décrivant des algorithmes à fort potentiel mais sans code source utilisable "Calls for implementation" afin de planifier une mise en œuvre collaborative par le biais de fils de discussion dans le forum. La base de données est éditée d'une manière similaire à Wikipédia : la communauté fournit du contenu qui est géré par des conservateurs. L'édition de la base de données par la communauté est renforcée par des réunions stratégiques appelées taggathons, qui permettent de dynamiser le contenu de la base de données. Ces réunions ont également pour but de parvenir à un consensus sur les orientations futures.
En partageant les connaissances entre les différentes communautés, nous voulons aider les biologistes à trouver n'importe quel outil ou flux de travail disponible pour un problème d'analyse d'image particulier et à trouver la formulation de traitement d'image adéquate, mais aussi aider les développeurs de logiciels et d'algorithmes à trouver les outils (ou composants) manquants, et aider les analystes d'images biologiques à identifier et à modifier les flux de travail (composants liés). Il se veut également un moyen simple de diffuser des solutions d'analyse d'images biologiques, même lorsqu'elles ne peuvent donner lieu à une publication en soi.
En exposant également toutes les données que nous conservons avec les pratiques web standard, nous permettons à d'autres projets de réutiliser ces données.