Logiciels

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La plate-forme met a disposition des logiciels commerciaux pour l'analyse de données, des logiciels open source et des solutions développées sur la plate-forme MRI. Nous fournissons également l'accès à des solutions de deep-learning, y compris l'apprentissage (training) sur nos machines.

propriétaire     libre     apprentissage profond     outils

3D Nuclei Clustering Tool

Analysez du clustering des noyaux dans des images 3D. Les centres des noyaux sont détectés. Les noyaux sont filtrés par la présence d'un signal dans un autre canal. Le clustering est fait avec l'algorithme basé sur la densité DBSCAN. Les distances des voisins les plus proches entre tous les noyaux et ceux à l'extérieur et à l'intérieur des cluster sont calculées.

Téléchargement et plus d'informations : 3D_Nuclei_Clustering_Tool sur github

Adipocytes Tools

Les adipocytes sont des cellules présentes dans les tissus adipeux, spécialisées dans le stockage de la graisse. L’outil permet de segmenter des adipocytes dans des images des coupes histologiques. Une fois segmenté, la taille des cellules et des mesures de leur morphologie peuvent être mesurées. 

Téléchargement et plus d'informations : Adipocytes Tools sur github

Amira (ThermoFisher scientific)

Logiciel dédié aux images 2D-5D pour la visualisation, la manipulation et la compréhension de données biologiques, notamment provenant de micro-tomographe RX.

Cell profiler

Logiciel dédié à la quantification d’images et à l’automatisation de tâches. Aucune expérience en programmation nécessaire, fonctionne sous forme de création de pipeline d’analyse.

Cellpose

Cellpose permet de segmenter des cellules de différents types à partir de différentes modalités d'imagerie. Le réseau d'apprentissage profond est pré-entraîné avec des images de 70000 cellules. Cellpose utilise une représentation vectorielle des cellules. L'entrée est une image des cellules et éventuellement une image de noyaux.

MRI a ajouté un bouton de traitement par lot, qui permet d'exécuter la segmentation des cellules par lot à partir de l'interface utilisateur graphique au lieu d'utiliser le python à partir de la ligne de commande.

Voir aussi :

Cellpose (Présentation pour le groupe d'analyse d'images de l'IRM, 05.02.2020)
Cellpose reloaded (Présentation pour le groupe d'analyse d'images IRM, 04.03.2021)

FIJI / ImageJ

Logiciel de traitement et d’analyse d’images 2D et 3D. Possibilité d’écrire des macros (langage propre), des scripts (python, javascript, ....) et des plugins (java).

  • Disponible sur tous les postes d’analyse d’images de la plateforme 
  • ImageJ/Fiji