Napari-Bigfish

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Napari-Bigfish est un plugin pour le visualisateur d'images multidimensionnelles napari. Il fournit une interface graphique alternative pour certaines parties du paquetage python Big-FISH. Big-FISH est un paquetage python pour l'analyse des images smFISH.

Les parties actuellement disponibles via le plugin sont :

• Suppression du fond gaussien

• DetectioDétection automatisée des spots

  • distance minimale entre les spots

  • suppression des doublons

  • détection automatique du seuil

• DecompositioDécomposition des régions denses

• Comptage des spots par cellule et par catégorie cytoplasme/noyau ( pas à partir de bigfish)

• Traitement par lots ( pas à partir de bigfish)

Les utilisateurs de MRI peuvent trouver napari avec napari-bigfish installé sur les PC d'analyse de la plate-forme.