La plate-forme met a disposition des logiciels commerciaux pour l'analyse de données, des logiciels open source et des solutions développées sur la plate-forme MRI. Nous fournissons également l'accès à des solutions de deep-learning, y compris l'apprentissage (training) sur nos machines.
Analysez du clustering des noyaux dans des images 3D. Les centres des noyaux sont détectés. Les noyaux sont filtrés par la présence d'un signal dans un autre canal. Le clustering est fait avec l'algorithme basé sur la densité DBSCAN. Les distances des voisins les plus proches entre tous les noyaux et ceux à l'extérieur et à l'intérieur des cluster sont calculées.
Téléchargement et plus d'informations : 3D_Nuclei_Clustering_Tool sur github
Les adipocytes sont des cellules présentes dans les tissus adipeux, spécialisées dans le stockage de la graisse. L’outil permet de segmenter des adipocytes dans des images des coupes histologiques. Une fois segmenté, la taille des cellules et des mesures de leur morphologie peuvent être mesurées.
Téléchargement et plus d'informations : Adipocytes Tools sur github
Logiciel dédié aux images 2D-5D pour la visualisation, la manipulation et la compréhension de données biologiques, notamment provenant de micro-tomographe RX.
L'outil permet de mesurer la zone du sphéroïde dans un 3D cell invasion assay. Il peut également compter et mesurer la surface des noyaux dans le spéroïde.
Téléchargement et plus d'informations : Analyze Spheroid Cell Invasion In 3D Matrix on github
L'outil permet de mesurer la surface de pixels verts par puits dans des images contenant plusieurs puits. Il peut être exécuté en mode batch sur une série d'images.
Download and further informations: Arabidopsis Seedlings Tool on github
Logiciel dédié à la quantification d’images et à l’automatisation de tâches. Aucune expérience en programmation nécessaire, fonctionne sous forme de création de pipeline d’analyse.
Cellpose permet de segmenter des cellules de différents types à partir de différentes modalités d'imagerie. Le réseau d'apprentissage profond est pré-entraîné avec des images de 70000 cellules. Cellpose utilise une représentation vectorielle des cellules. L'entrée est une image des cellules et éventuellement une image de noyaux.
MRI a ajouté un bouton de traitement par lot, qui permet d'exécuter la segmentation des cellules par lot à partir de l'interface utilisateur graphique au lieu d'utiliser le python à partir de la ligne de commande.
Voir aussi :
Cellpose (Présentation pour le groupe d'analyse d'images de MRI, 05.02.2020)
Cellpose reloaded (Présentation pour le groupe d'analyse d'images de MRI, 04.03.2021)
Logiciel pour l'analyse d'image 2D. La segmentation contextuelle, orienté objets est bien adaptée pour l'analyse des images d'histologie.
Fournit l'un des ensembles de fonctionnalités les plus complets et les plus robustes disponibles pour la cytométrie en flux.
Logiciel de traitement et d’analyse d’images 2D et 3D. Possibilité d’écrire des macros (langage propre), des scripts (python, javascript, ....) et des plugins (java).